JS работает в браузере (в общем случае, не рассматриваем node.js и встраиваемый JS), ему пофиг на сервер. Так как denwer — это апач+php+чё-то там ещё, то естественно, php там работает. Но кто мешает поставить отдельно свежую версию и апача, и php, и mysql? Зачем ставить что-то от дяди, да ещё неизвестных версий? Зачем тебе вообще тормозной апач, если есть lighttpd?
Код JavaScript обрабатывается в браузере, поэтому для него не нужен сервер. Совсем другой ворос по PHP. Denwer поддерживает PHP. Denwer поддерживает Apache, PHP, MySQL, PhpMyAdmin и др.