Зависит от игры и от файла. Напр: если удалишь .exe игры, её просто нечем будет запускать. Удалишь какую-нибудь модель - игра её не найдёт и не запустится или вылетит в процессе игры. Уладишь какой-нибудь .ini настроек - игра создаст его заново.
Не будет нужного файла, возожно игра и запуститься, но не будет некоторых систем. Как исправить?: всё просто, сохрани файл и вставь его обратно, если ты через стим, выбери поиск локальных файлов, не помню как называеться точно, и всё