По маркетинговым причинам, в основном.
Изначально он назывался Mocha, потом LiveScript, и когда Netscape и Sun Microsystems заключили партнёрство, в рамках этого самого партнёрства он был переименован в JavaScript.
JavaScript и Java — это два совершенно разных языка программирования с разным синтаксисом, семантикой и назначением.