Программы для моделирования не делают ничего принципиально нового. Так же создают полигоны, прописывая относительные координаты вершин, редакторы просто автоматизируют и упрощают процесс. Те же файлы можно создавать в ручную. Погугли как работают с теми же библиотеками OpenGL, например. Понятно, что это дольше на порядок, но реально.
А с какого момента считать появление 3D-игр? Первый и второй Doom ещё не были реальным 3D. Первый и второй Descent - да, уже 3D, но там всё собиралось из элементарных примитивов и геометрия объектов никак не менялась: 3D-моделирование не требовалось.
К тому моменту, как 3D-моделирование стало востребованным в играх, программы такого моделирования уже были.