Application.swf входит в пакет ХVM,если его удалить - вылезут другие глюки. Конечно, каждому решать, что для него важнее, но может стоит подождать, когда его обновят, а до этого потерпеть? Окна то работают, если курсором на них наведешь.Если не помните сколько у вас там голды и серебра, сделайте скрин без файла Application.swf, потом вернете его на место.